Seit dem Inkrafttreten des Hochschulförderungs- und -koordinationsgesetzes (HFKG) am 1. Januar 2015 müssen sich alle bestehenden kantonalen Hochschulen bis Ende 2022 neu institutionell akkreditieren lassen. Mit der institutionellen Akkreditierung erhält eine Hochschule das Recht, sich je nach Anerkennungsentscheid «Universität», «Fachhochschule», «pädagogische Hochschule», «universitäres Institut» oder «Fachhochschulinstitut» zu nennen. Sie ist im Weiteren eine zwingende Voraussetzung, um als beitragsberechtigt im Sinne des HFKG anerkannt zu werden und Bundesmittel zu erhalten.
2009 wurde das IHEID vom Bundesrat gemäss dem früheren Bundesgesetz über die Förderung der Universitäten und über die Zusammenarbeit im Hochschulbereich (UFG) als beitragsberechtigtes universitäres Institut anerkannt.
Per Entscheid vom 25. September 2020 hat der Schweizerische Akkreditierungsrat das IHEID als universitäres Institut anerkannt. Anschliessend hat die Stiftung für das IHEID beim Eidgenössischen Departement für Wirtschaft, Bildung und Forschung einen Antrag auf Anerkennung der Beitragsberechtigung eingereicht. Am 24. Juni 2021 wurde dieser Antrag von der Plenarversammlung der Schweizerischen Hochschulkonferenz (SHK) einstimmig angenommen. Basierend darauf hat der Bundesrat die beitragsrechtliche Anerkennung für das IHEID ausgesprochen.
