Die zentralen Zielvorgaben des Bundesrates an den Bereich der Eidgenössischen Technischen Hochschulen (ETH-Bereich) sind, dass dieser seine internationale Spitzenposition in der Forschung wahrt und eine erstklassige und attraktive Lehre anbietet. Verschiedene weitere Ziele sind von der wichtigen Rolle abgeleitet, die der ETH-Bereich im schweizerischen Bildungs-, Forschungs- und Innovationssystem spielt. So soll er Forschungsinfrastrukturen betreiben und weiterentwickeln und sie der gesamten Forschungsgemeinschaft zur Verfügung stellen. Er soll auch die Zusammenarbeit mit den kantonalen Universitäten und Fachhochschulen sowie privaten Forschungspartnern verstärken und das unternehmerische Handeln seiner Angehörigen unterstützen. International soll der ETH-Bereich die Zusammenarbeit und Vernetzung mit den weltweit führenden Institutionen ausbauen und seine Attraktivität für die talentiertesten Studierenden und die besten Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler erhalten. Im Vergleich zur Vorperiode erhalten die Themen Digitalisierung sowie Energie, Umwelt und Nachhaltigkeit ein noch stärkeres Gewicht. Im Personalbereich soll durch konkrete Massnahmen der Frauenanteil in Lehre und Forschung, insbesondere in Führungspositionen und Entscheidungsgremien, erhöht, Chancengleichheit gewahrt, Diversität gefördert und jegliche Art von Diskriminierung und Belästigung unterbunden werden.
Der Bundesrat führt den ETH-Bereich seit der Periode 2017–2020 entsprechend den Grundsätzen zur Steuerung verselbstständigter Anstalten des Bundes über strategische Ziele. Er legt sie gemäss ETH-Gesetz für jeweils vier Jahre fest und hört vorgängig den ETH-Rat dazu an. Diese Ziele sind strategischer Natur; die operative Umsetzung obliegt dem ETH-Rat. Diese Art der Führung hat sich angesichts der Zielerreichung in der Periode 2017–2020 bewährt. Der Bundesrat sah deshalb keine Veranlassung, die strategischen Ziele im Hinblick auf die neue Periode 2021–2024 grundlegend zu ändern. Punktuell wurden aber Aktualisierungen, Präzisierungen und Schwerpunktsetzungen vorgenommen.
Die strategischen Ziele sind zeitlich und inhaltlich auf den Zahlungsrahmen des Bundes abgestimmt. Dieser wurde vom Parlament für die Periode 2021–2024 auf gut 10,8 Milliarden Franken festgelegt.
Der Bundesrat informiert jährlich das Parlament und die Öffentlichkeit über die Erreichung der strategischen Ziele im ETH-Bereich.
Die Verantwortung für die Umsetzung der strategischen Ziele trägt der ETH-Rat als strategisches Führungs- und Aufsichtsorgan des ETH-Bereichs. Zu diesem gehören neben den beiden ETH in Zürich und Lausanne das Paul-Scherrer-Institut PSI, die Eidgenössische Forschungsanstalt für Wald, Schnee und Landschaft WSL, die Eidgenössische Materialprüfungs- und Forschungsanstalt EMPA sowie die Eidgenössische Forschungsanstalt für Wasserversorgung, Abwasserreinigung und Gewässerschutz EAWAG.